Жизнь обычного деревенского мальчика из мультфильма «Кубо. Легенда о самурае» неожиданно изменилась. Он любил придумывать истории, мастерить героев и показывать сказки всем желающим. А еще мальчуган заботился о своей маме. Они жили скромно, но дружно. Однажды за ним явились злобные духи, готовые исполнить давнюю месть.
Кубо был настоящим мечтателем. Его рассказы нравились всем. Жуткие монстры и воины, которые могли своим мечом победить даже самого страшного врага. Малыш и подумать не смел, что скоро все они оживут. Мать рассказывала ему об отце, отважном самурае, спасшем множество людей. Сын очень хотел быть на него похожим и сожалел, что тот погиб. Когда померк свет, а парнишку нашли два ужасных существа, собирающихся его убить, мама произнесла заклятие. Ему придется отправиться в далекое путешествие, чтобы отыскать доспехи отца и победить само зло.
Маленький мальчик оказался один в незнакомом месте. Но его нашли два хранителя: говорящая обезьяна и огромный увалень, в душе очень добрый, но сильный. Их призвали для защиты. Они станут сопровождать Кубо в пути, где ему необходимо найти самого себя, понять свое предназначение и обрести невиданную силу, которая выбирает лишь достойных.